Yükseköğretim kurumlarının Yönetim Örgütü (idari teşkilat) Genel Sekreterlik (bir Genel Sekreter ile en çok iki Genel Sekreter Yardımcısı), Daire Başkanlıkları (Yapı İşleri ve Teknik, Personel, Strateji, Öğrenci İşleri, Sağlık-Kültür ve Spor, Kütüphane ve Dokümantasyon, Bilgi İşlem, İdari ve Mali İşler Daire Başkanlıkları), Hukuk Müşavirliği, Hastane Başmüdürlüğü ve Fakülte/Enstitü/Yüksekokul/Meslek Yüksekokulu idari teşkilatlarından oluşmaktadır. 1983 yılında yayımlanarak yürürlüğe giren Yükseköğretim Üst Kuruluşları ile Yükseköğretim Kurumlarının İdari Teşkilatı Hakkında Kanun Hükmünde Kararname’ye göre Genel Sekreter, üniversite idari teşkilatının başıdır ve bu teşkilatın çalışmasından mali ve idari olarak üniversiteyi yönetmekle sorumlu olan İta Amiri olan Rektöre karşı sorumludur. 2003 yılında yürürlüğe giren 5018 sayılı Kamu Malî Yönetimi ve Kontrol Kanunu ile İta Amirliği kaldırılmış, Harcama Yetkilisi tanımı çerçevesinde bütçeyle ödenek tahsis edilen her bir harcama biriminin en üst yöneticisi harcama yetkilisi olarak belirlenmiştir. Bu gelişmelerle üniversitelerin idari teşkilatı, yöneticilerin yetkileri açısından yeniden dizayn edilmiştir. Buna göre; Dekanlıklar, Müdürlükler, Daire Başkanlıkları ve Genel Sekreterlik birimleri ayrı ayrı harcama birimlerine dönüşmüşlerdir. Yani Genel Sekreter, Daire Başkanları, Hukuk Müşaviri, Fakülte Dekanları ve Enstitü/Yüksekokul/Meslek Yüksekokulu Müdürleri kendi birimlerinin en üst yöneticisi sıfatıyla harcama yetkilisi olarak kanun karşısında sorumlu olmuşlardır. İlgili Kanunla Rektöre, tüm üniversitenin üst yöneticisi olarak sistemin işleyişi konusunda belirleme, gözetim ve denetim görev ve sorumluluğu verilirken Genel Sekreter ise tüm idari teşkilatın başı olmasına rağmen sadece Genel Sekreterlik biriminin bütçesinden sorumlu olmuştur. Yönetim Bilimi literatürüne göre gerek “örgütleme” gerekse “yürütme” fonksiyonlarının başarılı bir şekilde gerçekleştirilmesi yetkinin varlığına bağlıdır. Yetkiyi anlamlı kılan unsurlardan biri de şüphesiz ki güçtür. Bu çerçevede, 2003 yılında başlayan süreçle birlikte üniversite idari teşkilatlarındaki yapıda, mali olarak tam yetkili olan Daire Başkanlıkları ve Dekanlara tabi olan birim sekreterleri karşısında, Genel Sekreterlik koordinasyon görevi gören törensel bir konuma dönüşmüş, üniversitelerin idari teşkilat yapısı ise yetki ve güç orantısızlığı çerçevesinde çatışmaların yaşandığı hantal ve karmaşık bir yapı halini almıştır. Ayrıca, 5018 sayılı Kanun’un getirdiği zorunlulukların üniversitelerde uygulanmasıyla meydana gelen teşkilat yapılarındaki değişiklikler nedeniyle personelin verimli kullanılmasının engellendiği değerlendirilmektedir. Çalışmada, bu karmaşıklığı ve hantallığı ortadan kaldıracak şekilde küçülme odaklı yaklaşımlara (kademe azaltma, güçlendirme, yalın yönetim anlayışı, vb.) uygun olarak daha küçük ve esnek bir yönetim örgütü modeli önerilmektedir
